如果外國申請人所屬國家同是是馬德里體系成員國，其在中國取得商標註冊通常可以採取兩種方式：一種是委託中國商標代理直接向中國商標局提出商標註冊申請；另一種是通過馬德里國際商標系統指定中國註冊申請。
本文簡單從以下數個方面進行分析，幫助申請人進行選擇。
預計註冊時間
商標註冊申請的預計註冊時間是申請人尤為關注的一個問題，其中，審查期限的長短嚴重影響商標預計可以註冊時間。
第三次修改的中國《商標法》雖然規定了商標的審查期限為9個月，但根據商標局於2017年11月發佈的新聞稿，商標局銳意在2018年內確保將商標審查週期縮短至6個月。
與此相比，在根據《商標國際註冊馬德里協定》（簡稱《馬德里協定》）和《商標國際註冊馬德里協定有關議定書》（簡稱《馬德里議定書》）中對通過馬德里國際商標系統指定成員國的申請的審查期限進行了明確規定。根據相關規定，依據《馬德里協定》指定中國的申請，中國商標局必須在12個月內審查完畢；依據《馬德里議定書》指定中國的申請，中國商標局必須在18個月內審查完畢。
此外，由於馬德里國際商標註冊的異議期為國際公告之日次月1日起3個月，而非商標在中國審查完畢後的3個月。因此，在審查通過後，中國國內申請還需要等待3個月的異議期，而通過馬德里國際商標註冊指定的中國申請則立即視為註冊。
因此，就法定的審查期限而言，直接向中國商標局提交註冊申請優於通過馬德里國際商標註冊指定中國申請。
指定商品/服務
商品和服務項目是商標注冊最重要的部分之一，嚴格限制和劃分商標註冊受法律保護的界限。通俗的來說，注冊商標所有人只在獲准註冊的商品和服務範圍就注冊商標享有專有使用權，如超過範圍，一般情況下不受到保護。
中國自1998年11月1日起採用《尼斯國際商品及服務分類》（簡稱《尼斯分類》），申請人在提交中國商標註冊申請時，需要根據中國商標局發佈的《類似商品和服務區分表》及2016年起前後4批的《類似商品和服務區分表》以外可接受的商品服務項目，來進行選擇。
根據馬德里的相關規定，申請人在提交馬德里國際商標註冊時，必須以其原屬國的國內商標申請、商標註冊為基礎，如果其原屬國對商品的規定較寬鬆，其基礎申請/註冊的指定商品將可以直接在指定中國時被中國商標局接受。
由於科技的發展，和商品不斷地推陳出新，在提交申請時，如果新商標或服務仍然不存在於可接受項目表中。如果申請人是直接向中國商標局提交商標註冊申請並指定非標準或可接受商品項目時，一旦被商标局要求补正，申請人將面臨無法在其實際使用商品上獲得商標權的困境。
相對於中國商標局對於直接申請指定非標準或可接受的商品/服務項目審查的嚴格，對於通過馬德里國際商標系統指定中國商標申請時，商標局的審查則相對寬鬆，除了中國完全不接受的商品/服務（例如：零售、賭博等）外，中國商標局通常不會對通過馬德里國際商標註冊指定中國的申請下發補正，或關於商品的初步駁回。
因此，就指定商品/服務項目的靈活程度而言，通過馬德里國際商標註冊指定中國優於直接向中國商標局提交註冊申請。注意，由於馬德里體系各成員國與中國商標局對商品和服務項目的要求與分類做法上不一致，加上在商品翻譯過程中的一些偏差，有些商品或服務雖然在中國審查時被接受，但是由於商品描述的過於寬泛或者不準確，可能會導致商標無法獲得充分保護。建議在選擇馬德里國際商標系統進入中國前，考慮就選擇商品或翻譯方面，諮詢中國的商標代理。
註冊證明文件
中國國內商標註冊申請被核准後，商標局會頒發《商標註冊證》，《商標註冊證》上記載有商標圖樣、商標註冊號、商標註冊人名以及位址、注冊商標核定使用的商品或服務專案及其類別以及商標專用權的起止日期等資料，以證明其商標專用權範圍。
而通過馬德里國際商標系統指定中國的商標申請即使沒有被駁回，中國商標局是不會頒發《商標註冊證》，商標註冊人必須向商標局申請《商標註冊證明》以證明國際商標在中國的商標專用權。在實際的商業活動中，由於《商標註冊證明》的申請人資訊只有英文，在入駐中國的B2C平台時，有不被認可的風險。
官方費用
中國國內商標申請費用近年來經歷了三次調整，從1000人民幣每類每案最終降低至300人民幣每類每案，且申請10個以上商品或服務項目時，每超過1項加收30人民幣。
通過馬德里國際商標系統指定中國申請的費用包括兩部分，一是向國際局繳納的基礎註冊費653瑞士法郎，二是指定中國的費用249瑞士法郎，即共約6000人民幣。
如僅針對中國而言，原則上向中國商標局直接提出商標註冊申請的費用要遠低於通過馬德里國際商標系統指定中國申請的費用。但是通常情況下，選擇馬德里國際商標系統會同時指定多個國家，相較于直接向多個國家分別提出申請，馬德里國際商標系統則更為合算。
綜合以上所說，直接向中國商標局提交商標申請和通過馬德里國際商標系統指定中國申請各有優劣，希望上述分析對申請人的選擇有所幫助。
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